En Limousin, les mammifères occupent différents habitats, très variés. Certaines espèces sont souterraines comme le Campagnol souterrain (Microtus subterraneaus) ou la Taupe d’Europe (Talpa europaea). D’autres vivent à la surface du sol mais possèdent également un habitat souterrain, de type terrier. C’est le cas du Lapin de garenne (Oryctolagus cuniculus), du blaireau (Meles meles) ou du Mulot à collier (Apodemus flavicollis). Certains vivent exclusivement à la surface, sans refuge souterrain. C’est le cas de tous les ongulés : Sanglier (Sus scrofa), Chevreuil européen (Capreolus capreolus), Cerf élaphe (Cervus elaphus), ou du Hérisson (Erinaceus europaeus). D’autres espèces trouvent refuge dans les arbres : Ecureuil roux (Sciurus vulgaris), Martre des pins (Martes martes), ou dans des milieux anthropiques : Fouine (Martes foina), Loir gris (Glis glis), Rat surmulot (Rattus norvegicus). Quelques espèces vivent aussi bien dans les milieux terrestres et aquatiques : Musaraigne aquatique (Neomys fodiens), le Campagnol amphibiens (Arvicola sapidus), la Loutre d’Europe (Lutra lutra), le Ragondin (Myocastor coypus) ou le Castor d’Europe (Castor fiber).
Les types de milieux influencent également la répartition des mammifères. Certaines espèces privilégient les milieux ouverts (prairies, landes), d’autres des milieux forestiers dont la superficie peut varier ou entre ces deux types de milieux, les lisières. Les chiroptères possèdent quant à eux des types de gîtes différents. Certaines espèces privilégient les abris anthropiques (combles, greniers, volets) : Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus), Sérotine commune (Eptesicus serotinus) ; d’autres des cavités naturelles : Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersii), Murin de Daubenton (Myotis daubentonii) ; ou des cavités arboricoles : Noctule commune (Nyctalus noctula), Barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus).